El golpe de Estado contra Juan Rafael Mora fue llevado a cabo por el mismo ejército que había diseñado para afianzar al Ejecutivo, encabezado por los generales Lorenzo Salazar y Máximo Blanco, que habían tenido destacada participación en la guerra, y cuyas figuras fueron dominantes en la política nacional en el siguiente decenio. La Campaña Nacional tendría un epílogo sangriento: Mora, derrocado, exiliado en El Salvador junto a su hermano José Joaquín y el general Cañas, intentó recuperar el poder por la fuerza desembarcando en Puntarenas junto a unos pocos leales, pero las fuerzas del gobierno lo derrotaron en la batalla de La Angostura el 28 de septiembre de 1860. Tras una corte militar con juicio oral y sumario, Juan Rafael Mora fue fusilado el 30 de septiembre de 1860. El 2 de octubre de 1860 fue fusilado, en el mismo lugar, el general José María Cañas. En la actualidad, ambas ejecuciones se han calificado como crimen de Estado.