Para el año 1556, la Corona española autorizó nuevamente la realización de campañas de conquista en América. Para ese momento, se habían fundado las principales ciudades hispánicas en Guatemala, Nicaragua y Panamá, y el dominio español se había implantado en México y gran parte de Sudamérica. El territorio costarricense no obstante, a excepción de Nicoya, se encontraba en su mayor parte ajeno a la conquista española.

La mayoría de los líderes expedicionarios en esta fase provenían de la América Septentrional (León, Granada, San Salvador, Guatemala, Mérida, Antequera, Ciudad Real o México). Algunos como Juan de Cavallón, Juan de Estrada Rávago y Añez, Juan Vázquez de Coronado, Alonso Anguciana de Gamboa y Perafán de Rivera, descendían de poderosas familias o habían desempeñado cargos importantes en estas ciudades. La conquista de Costa Rica fue una continuación de la conquista y ocupación de Mesoamérica.