Se construyó como condición para que San José fuera titulada como ciudad por parte de la Corte Española. Su construcción duró dos años empezando en 1825 a cargo de Eusebio Rodríguez y veintitrés años después, cuando el Monseñor Anselmo Llorente fue declarado obispo (1850) la iglesia recibió el título de catedral.

En 1871 se le encargó al arquitecto José Quirce y al carpintero Manuel Conejo hacer un estudio del templo debido a los sismos que había afectado la estructura. Se recomendó cambiar el techo, que era de caña, barro y madera.

Quirce renunció y en 1878 el carpintero guatemalteco Ramón Estrada finalizó la obra de la cúpula, el púlpito, el coro y detalles como las columnas. Un año después debido a un sismo se decidió demoler los campanarios de mampostería, cambiándolos por unos campanarios europeos de metal, bastante livianos, pero desproporcionados con el volumen del resto del edificio.

Casi 100 años más tarde, con los terremotos de 1990 y 1991 se hizo un trabajo de reforzamiento a la catedral y se reconstruyeron los campanarios originales en concreto armado. En medio de esta reconstrucción se encontró un cementerio colonial y restos de 15 humanos al lado norte de la iglesia.

El Museo Nacional desenterró piezas cerámicas indígenas de 300 años a. C. a 300 años d. C. y una antigua cruz cristiana.

Para el 1998 fue declarada de Interés Histórico Arquitectónico y actualmente posee una escultura de Jiménez Deredia en honor a Juan Pablo II, junto con una estatua en homenaje al II Obispo de Costa Rica.

En su totalidad consta de un sagrario, una cripta, bóvedas, confesionarios, un púlpito, las torres del campanario y un órgano tubular. Este instrumento es el más majestuoso de todos los que existen en Costa Rica con tubos de 16 pies. El Rex instrumentorum fue construido por uno de los más grandes fabricantes del mundo, el belga Pierre Schyven (ó Esjaiven) en 1890 y fue restaurado en el 2009 con ayuda internacional para el Festival de Música Credomatic.

Además: El Sagrario de la Catedral Metropolitana y El Palacio Episcopal.

Referencias:

Centro de Patrimonio Cultural.

Fotografías de Maritza Cartín y varias de internet.

Investigación de Mi CR de Antaño.