En 1854, el gobierno de Juan Rafael Mora Porras (1849- 1859) dispuso la construcción de una Capilla al Santísimo Sacramento (Sagrario), ubicada al costado Norte de la Catedral. El diseño, de influencia neoclásica, se le encomendó al Arq. Francisco Kurtze. Fue levantada en ladrillo y piedra de lava. Poseía tres naves, veintiséis columnas, frontis con columnas salomónicas, cornisas con molduras y una entrada coronada con frontones. En 1860 se concluyó y unos años después se la agregaron ocho vitrales importados de Alemania.
Capilla que estaba situada contiguo a la Catedral, que funcionó como parroquia durante el episcopado de Mons. Anselmo Llórente y Lafuente, primer obispo de Costa Rica.
En la segunda mitad del siglo XX, el proyecto de ampliación de la Avenida
Segunda determinó que a inicios de la década de 1970 fuera demolida.
En 1972 se reconstruyó una réplica de menor tamaño, según diseño del Arq. Hernán Arguedas. La construcción del nuevo Sagrario significó la eliminación de los jardines que lo separaban de la Catedral.
La destrucción o demolición de El Sagrario de la Catedral Metropolitana de San José evidenció la falta de interés y de compromiso de Costa Rica con la defensa y la preservación de su patrimonio arquitectónico.
La destrucción de El Sagrario de La Catedral Metropolitana es una de las más oscuras páginas de nuestra historia.
GALERÍA DE FOTOGRAFÍAS DEL SAGRARIO:
-1960´s- Fotografía de Jorge Salazar, Fotos Antiguas de C.R. 
1871, Fotografía Pablo Pochet, Fotos Antiguas de C.R. 
1907 Pablo Pochet 
Fotografía hacia el Este, se aprecia el costado norte del Sagrario. (Francisco Retana Retana, Fotos Antiguas de C.R. 
1906 Páginas Ilustradas.
Referencias:
Fotografías varias de Internet.
Mi Costa Rica de Antaño 