Se construyó como condición para que San José fuera titulada como ciudad por parte de la Corte Española. Su construcción duró dos años empezando en 1825 a cargo de Eusebio Rodríguez y veintitrés años después, cuando el monseñor Anselmo Llorente fue declarado obispo (1850) la iglesia recibió el título de catedral.