La construcción del inmueble no inició sino hasta 1852, siendo presidente Juan Rafael Mora Porras, a instancias de Monseñor Anselmo Llorente y La Fuente y con motivo de la guerra de 1856, y se terminó hasta 1855. En 1857, se estableció el Protomedicato y la Sociedad Médica, y en 1865 el hospital quedó bajo la dirección de las Hermanas de la Caridad, que llegaron al país hasta 1871. Durante el gobierno de Tomás Guardia Gutiérrez, en 1874, se organizaron los primeros cursos de la Facultad de Medicina (decretada su creación por Juan Rafael Mora desde 1850), cuyas prácticas se hicieron en este hospital, siendo Cirilo Mora el primer Licenciado en Medicina (1877). La Facultad tuvo vida efímera y se cerró en 1880.