La década de 1840 se caracterizó por ser de gran inestabilidad política. Entre 1842 y 1849 entrarán en vigencia cuatro Constituciones Políticas (la de 1825, restablecida por Morazán, y las de 1844, 1847 y 1848), con la presencia de tres golpes de Estado, y dos renuncias de gobernantes.117​ La crisis política posibilita el ingreso de los militares en la escena con un papel protagónico, aunque siempre con la sombra de los civiles en la toma de decisiones, proceso iniciado con el golpe de Estado propinado contra Manuel Aguilar Chacón para colocar en el poder a Braulio Carrillo, y posteriormente con la invasión de Francisco Morazán para derrocar a Carrillo.

Francisco Morazán desembarcó en Caldera al mando de 500 soldados salvadoreños, en abril de 1842. Carrillo mandó contra él 2000 hombres comandado por el general salvadoreño Vicente Villaseñor, quien había sido subalterno de Morazán. Ambos contingentes vinieron a encontrarse en un sitio cercano a la ciudad de Alajuela llamado El Jocote, donde Villaseñor y Morazán celebraron un pacto que entregaba el mando de las fuerzas costarricenses a Morazán, ante lo cual Carrillo cedió el poder y huyó a El Salvador.118​ Morazán fue designado Jefe Provisional del Estado en julio de 1842, luego de lo cual derogó la Ley de Bases y Garantías y restableció la constitución de 1825. El propósito del caudillo hondureño, sin embargo, era convertir a Costa Rica en base política y militar para lanzar una nueva campaña dirigida a reconstruir la República Federal de Centro América.119​ Las reclutas y contribuciones forzadas terminaron por enardecer a la población. En mayo de ese año, el cuartel de Heredia fue asaltado por rebeldes josefinos, lo que hizo que Morazán emitiera dos decretos de extremo rigor. En septiembre de 1842, la ciudad de Alajuela se rebeló, seguida de San José seis horas después. Luego de cruentos combates, los rebeldes, bajo el mando de Antonio Pinto Soares, antiguo comandante de Carrillo, y de Florentino Alfaro Zamora, lograron que Morazán abandonara el cuartel de San José y huyera a Cartago, donde fue capturado. El 15 de septiembre de 1842, fue fusilado tras un juicio sumarísimo, en el sitio que hoy corresponde al Parque Central de San José. A su lado y por la espalda, como traidor, también fue fusilado Vicente Villaseñor.118​

Tras la caída de Morazán y un corto periodo bajo el gobierno de Antonio Pinto, asume el poder José María Alfaro Zamora, hermano del general Florentino Alfaro, figura militar importante durante la época. A partir de este momento, los militares se convertirán en la piedra angular del poder y la estabilidad del gobierno. Se promulga una nueva Constitución en 1844 que les otorga presencia política decisiva. En 1846, es electo Francisco María Oreamuno, que renuncia un mes después, y es llamado a ejercer Rafael de Gallegos para un segundo mandato. En 1846, un nuevo golpe militar depondrá a Rafael de Gallegos, para colocar nuevamente a José María Alfaro en el poder.120​ José María Alfaro ejerce el poder dos años y lo entrega a José María Castro Madriz, quien luego será obligado por los militares a renunciar en 1849. El periodo de inestabilidad solamente acabará con el ascenso al poder de Juan Rafael Mora Porras en 1849.121​

Referencias:

Botey Sobrado, Ana María (2002). Costa Rica: desde las sociedades autóctonas hasta 1914. Editorial de la Universidad de Costa Rica.

Molina, Iván; Palmer, Steven (2011). Historia de Costa Rica. Editorial Universidad de Costa Rica.