El golpe de Estado contra Juan Rafael Mora fue llevado a cabo por el mismo ejército que había diseñado para afianzar al Ejecutivo, encabezado por los generales Lorenzo Salazar y Máximo Blanco, que habían tenido destacada participación en la guerra, y cuyas figuras fueron dominantes en la política nacional en el siguiente decenio.
La traición del 14 de agosto de 1859
En su edición de setiembre de 1934, la revista Alma Tica recordó los acontecimientos que condujeron al derrocamiento del presidente Juan Rafael Mora Porras. Según este relato, durante la madrugada del 14 de agosto de 1859, Mora fue llevado al Cuartel de Artillería bajo el pretexto de que se había producido una sublevación militar. Allí fue detenido y despojado del poder por los militares encabezados por Lorenzo Salazar y Máximo Blanco.
También fueron apresados el vicepresidente Rafael G. Escalante y Manuel Argüello Mora. Posteriormente, los detenidos fueron condenados al destierro y enviados desde Puntarenas a bordo del vapor Guatemala. Tras el golpe de Estado, José María Montealegre Fernández asumió la presidencia de la República.
Este episodio marcó el inicio de una década caracterizada por la fuerte intervención de los militares en la política costarricense.
La Campaña Nacional tendría un epílogo sangriento: Mora, derrocado, exiliado en El Salvador junto a su hermano José Joaquín y el general Cañas, intentó recuperar el poder por la fuerza desembarcando en Puntarenas junto a unos pocos leales, pero las fuerzas del gobierno lo derrotaron en la batalla de La Angostura el 28 de septiembre de 1860. Tras una corte militar con juicio oral y sumario, Juan Rafael Mora fue fusilado el 30 de septiembre de 1860. El 2 de octubre de 1860 fue fusilado, en el mismo lugar, el general José María Cañas. En la actualidad, ambas ejecuciones se han calificado como crimen de Estado.
Mi Costa Rica de Antaño 