El templo del barrio San José fue construido aproximadamente hacia la segunda mitad del siglo XIX; su diseñador fue el Ingeniero alemán Francisco Kurtze quien llegó a Costa Rica entre 1848 y 1850, por lo tanto es muy probable que fuera en una fecha posterior a su arribo cuando se empezó a construir esta edificación. Su configuración permanece casi tal cual fue concebida en los planos del arquitecto Kurtze (planos que según las crónicas fueron empleados como modelo en la edificación de la Catedral de Alajuela).

En el Jardín (costado sur) del templo se ubica la capillita u ofertorio al Arcángel San Rafael; este era un sitio de veneración para los caminantes que se dirigían a Puntarenas y a otros sitios occidentales del país. Los boyeros y viajeros dejaban sus donativos en un camarín frente a la imagen pero cuando comenzaron los robos, se optó por construir el nicho actual y siempre los viajeros continuaron depositando sus contribuciones a San Rafael.